San Lorenzo ingresó a la Asociación Amateur Argentina en 1994 y a partir de 1995, escribió su historia desde la Primera G, subiendo a la Primera F por reestructuración en 1998.
Sus años de gloria en el ámbito superior los inició consiguiendo los títulos de Primera F en 2005, Primera E en 2007 y Primera D en 2008, más los ascensos del 2005, 2007, 2008 y 2010.
Su primera cancha de césped natural fue construida en 1984 y desde dicho año hasta 1994, la utilizó el Club Nahuel de Buenos Aires. En febrero del 2010, San Lorenzo inauguró su nuevo campo sintético en la Ciudad Deportiva.
En divisiones inferiores, la Institución de Boedo logró los títulos en el Clasificación y Oficial 2004 de Quinta División, y en los Torneos 2002, 2006, 2007 y 2008 de Sexta División.