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San Lorenzo se sumó a las filas de la Federación Argentina de Handball en 1940 en lo que se denominó “de campo”, siendo local en el Gasómetro. Se proclamó campeón de Segunda en 1945, llegando por primera vez al círculo privilegiado en 1946.
Un año después, el Club construye uno de sus triunfos más gloriosos en el deporte: el Torneo de Otoño y poco después, se une a las competencias iniciales del Handball de Salón. Luego de algunos traspiés y años en Segunda, regresa al circuito superior en 1974 y un año después, la entidad comparte la fundación de la Federación Metropolitana de Handball junto a otras 17, siendo la reunión clave en Avenida La Plata.
Durante el transcurso de 1974, el equipo de Boedo sube a Primera por última vez. Y luego, la disciplina tuvo una práctica aislada, hasta que a mediados del Siglo XXI, en el 2005, se anotó en la ASBAL, para volver a afiliarse a la FEMEBAL en el 2008.